一是生態補償按月結算。昔日“一年到頭再算賬”，如今月月都有真罰賞。省環保廳依據《辦法》規定，嚴格按月考核，計算出各市縣水環境質量生態補償資金的扣收和獎勵額度，省財政廳進行資金結算。省環保廳、財政廳每月5日前向各市縣政府通報上月水環境質量生態補償資金扣收和獎勵情況，并向社會公布。

　　二是合理劃分目標類型。《辦法》明確了4種類型的生態補償，分別是地表水考核斷面水質生態補償、飲用水水源地水質生態補償、南水北調中線工程河南段生態補償和水環境風險防范生態補償。其中對造成南水北調中線水質超標的，扣收額度是水源地超標的2倍；在水環境風險防范方面實施“一票否決”，對發生河流有毒有害污染物超標、河流跨界水污染和因環境污染造成供水中斷等較惡劣環境問題的市縣，在實行懲罰性扣收的同時，取消其所有獎勵。

　　三是實施階梯獎懲標準。地表水責任目標考核斷面實行階梯生態補償，分別是目標值為Ⅰ至Ⅲ類、目標值為Ⅳ至Ⅴ類和目標值為劣Ⅴ類3級階梯。在每一級階梯中，優的越多、獎的越多，差的越狠、罰得越重。在考核時，充分考慮上下游關系，上游入境斷面水質超標時,扣除上游入境斷面對下游出境斷面的水質影響。

　　四是補償資金專款專用。扣收生態補償資金除用于獎勵相關市縣外,結余資金納入全省環境污染防治專項資金;若扣收資金不足以安排獎勵資金,缺口部分省級另行統籌安排。獎勵資金,由市縣專項用于環境治理支出。